O aquário comporta várias espécies de peixe, mas todos presentes na fauna local da costa japonesa, o destaque fica por conta dos imensos tubarões baleia, arraias jamantas, cardumes de atuns e cavalas, garoupas e diversas outras espécies de tubarão. Como a maioria dos aquários/oceanários, diversas pesquisas de nível científico são mantidas na tentativa do homem de entender cada vez mais a natureza e preservar espécies ameaçadas, e, com incontáveis esforços, a reprodução dos espécimes dos diversos aquários é amplamente estudada e praticada. Um projeto de reprodução e re-introdução de corais em larga escala é mantido no aquário com o objetivo de preservar e ajudar a re-povoamento dessas magníficas criaturas que vem sendo devastadas pela ação do homem.

No dia 16 de Junho de 2007 o primeiro filhote de Jamanta nascido em cativeiro veio ao Mundo no aquário depois de longos 374 dias de gestação, trazendo o sucesso em forma de prêmio para os mantenedores do aquário. Hoje as pesquisas se concentram na reprodução do tubarão baleia, maior peixe conhecido no nosso planeta e sem dúvida um dos mais misterioso em termos de reprodução em seu habitat natural. Sobre o projeto de reprodução dos Rhincodon Typus que de acordo com Senzo Uchida, diretor do Okinawa Chaurami Aquarium, é de magnitude completamente diferente de tudo que eles já fizeram, ficam os comentários do próprio diretor: “Nós ainda não sabemos muito a respeito deles. Há coisas que só poderemos aprender ao observa-los em cativeiro.”